simulomicsr

Cosa fa simulomicsr

simulomicsr è una pipeline R per meta-analisi RNAseq cross-studio design-aware: dal metadato GEO testuale produce comparisons appaiate treated/control entro ogni studio, sintetizza una chiave canonica comparability_anchor per raggruppare confronti equivalenti (stesso agente, dose, durata, contesto cellulare) cross-studio, e ne pooling gli effect size con random-effects meta-analysis (metafor REM).

Pipeline complessiva (5 stadi):

1. Acquisizione — bulk RNAseq da ARCHS4 (HDF5, ~700k+ sample GEO).
2. Stadio 1 sample-level (P2 chiuso) — classificazione LLM dei metadati testuali in sample_facts.stage1.v3 (perturbazioni, dose, durata, veicolo, cell context, ambiguity flags).
3. Stadio 2 study-level (P3, prossimo) — design inference: design_role per sample, comparisons_table, comparability_anchor v3 canonical.
4. Stadio 3-4 — raggruppamento cross-studio + DE per studio (DESeq2/limma).
5. Stadio 5 — meta-analisi REM via metafor per anchor.

Cosa NON è simulomicsr

simulomicsr non è un altro annotatore di GEO/SRA. Quel campo è coperto da MetaHQ, ARCHS4, MetaSRA e dal recente multi-agent metadata curation di Mondal et al. 2025. Il valore unico di simulomicsr è il passaggio successivo: dalle annotazioni per-sample alle comparisons appaiate raggruppabili cross-studio per pooling effect-size REM. Il competitor end-to-end più vicino è RummaGEO, che però produce gene set per-studio senza anchor canonico né effect size. Un benchmark testa-a-testa vs RummaGEO è parte integrante del progetto (deliverable di P3.5 eval). Per l'analisi competitiva completa vedi docs/decisions/0006-stato-arte-vs-simulomicsr.md.

Stato attuale: P1 (infrastruttura LLM) e P2 (Stadio 1) chiusi e mergeati su master. Prossima fase: P3 — Stadio 2. Vedi docs/superpowers/plans/ e NEWS.md.

Quickstart developer

# 1) Restore environment
renv::restore()

# 2) Set OpenAI key (in .Renviron.local — gitignored)
# OPENAI_API_KEY=sk-...

# 3) Run tests
devtools::test()

Installation

You can install the development version of simulomicsr from GitHub with:

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("UBESP-DCTV/simulomicsr")

Code of Conduct

Please note that the simulomicsr project is released with a Contributor Code of Conduct. By contributing to this project, you agree to abide by its terms.