refactor(tools): unify filesystem tools and simplify host file IO

[Yuang-Deng]

改动

统一宿主文件操作为 FileSystemToolkit，提供 read/write/edit/ls/glob/grep/mkdir/move/remove/stat，调整文件声明与路径解析，并简化宿主 IO 实现。同步 Agent、Writer、Skill 相关调用、文档和测试。

内置命令工具统一使用 shell，移除旧 download_file，更新 Agent 默认工具和代码审查调用。补充飞书、Notion exists 工具的参数说明，保证工具注册描述完整。

目标为 codex/tool-host-access-lifecycle，供 LazyAGI#1320 集成。主仓库使用方：YuZou-coding/LazyMind#2 。

验证

• 最新提交 621e507a：现有 chat 容器内 Agent、内置工具、宿主文件生命周期三个测试文件，39 passed。
• 主仓库对应的旁路工具策略、工具展示和注册表回归，851 passed。
• git diff --check 通过。
• 前次提交曾运行上述测试及 tool_manager_scheduling，50 passed；本次未重跑完整测试套件。